git rm -r --cached .
git add .
git commit -m "fixing .gitignore"

 

сам  файл 

.idea
bitrix/cache/
bitrix/managed_cache/
bitrix/stack_cache

bitrix/backup
bitrix/cache
bitrix/crontab
bitrix/managed_cache
bitrix/managed_flags
bitrix/modules/*.log
bitrix/php_interface/crontab
bitrix/php_interface/dbconn.php